光绪三十四年（1908年）十月，光绪帝和慈禧太后相继去世。摄政王载沣在两宫丧仪与宣统皇帝登基仪式结束后，于十一月廿六日（12月19日）对朝中重臣大加封赏，庆王奕劻以亲王世袭，世续、鹿传霖太子少保，张之洞、袁世凯加太子太保，以示优遇。但是，十多天后，刚刚得到封赏的军机大臣袁世凯便被载沣罢黜。许宝蘅是当时的见证人。他在日记中对前后几天的中枢活动有所记载：

十二月十一日（1909年1月2日） 入直。军机见起后复召世、张二相入，发出蓝谕三道：一、袁太保开缺回籍养疴；一、那相（那桐）入军机；一、澍贝勒（载澍）在乾清门侍卫上行走。按，澍贝勒为孚郡王之嗣子，乙未、丙申间得罪革爵圈禁，庚子释免者。十一时散归。

十二日（1月3日） 入直，崧生侍郎署外务部尚书，那相到军机处，庆邸仍未入直，十一时散归。

十六日（1月7日） 入直，庆邸自初十请假，今日始入，十二时散。[11]

十二月十一日这天，载沣先是召见军机大臣，然后又单独召见世续、张之洞，讨论的应该是处置袁世凯之事。[12]奕劻自十二月初十日开始请假，这天没有入直。载沣等满洲权贵猜忌袁世凯由来已久，选择十一日奕劻请假这天做出决断，可能是为了避免与奕劻发生争执，也许奕劻得知消息，有意回避。直到十六日庆王才销假入直，他对处置袁氏一事肯定不满意。许宝蘅日记中对此事没有任何评论，只是准确记下了当时的情节，可与其他材料互证。

袁世凯离京后，许宝蘅也因丁继母忧，读礼家中。期间经过官制改革，军机处改成内阁承宣厅，故宣统三年辛亥（1911年）六月许氏服满后，乃改任承宣厅行走，其实仍是当年军机章京的角色。是年六月廿五日（7月20日）许宝蘅再次入内当差时，感慨万千。他在日记写道：

三时半起，晚饭入直，到东华门下车，步行至西苑门内直房中，与阁丞、厅长……相见，进谒庆邸、那相、徐相（徐世昌）。忆前入直时，光绪戊申春间及九月后皆在西苑，至十月二十一、二十二日连遭大丧，即日移入大内，后遂不复至此。是日九钟时，余恭缮太皇太后懿旨一道，世、张、鹿、袁四公环立案前，尚剩十数字未就，忽内监传召王大臣速入见，心惊手颤，几不卒书。缮就，王大臣捧以入宫。俄顷传慈驭上仙矣，至今追思犹为惕惕。当时六堂，今仅庆邸一人，张文襄、鹿文端相继逝世，世相调任，袁宫保放归，诸公于余皆有知遇之雅，又不胜室迩人遐之感。[13]

这段记述颇见许宝蘅对于时局的担忧，以及对张、袁见赏仍怀感激之恩的心情。

不久，辛亥革命爆发，朝局发生了重大变化。八月，在武昌起义的炮声中，回天无力的载沣不得不听从奕劻等人的建议，重新起用在籍“养疴”的袁世凯，希望他重振精神，为清廷收拾危局。依旧在中枢服务的许宝蘅再次获得了随袁世凯办事的机会，从而又一次见证了近代史上的关键时刻。

八月廿三日（10月14日），载沣到仪鸾殿向隆裕太后请旨两次，终于任命袁项城为鄂督，岑西林（春煊）为川督，这是满洲权贵面临危机被迫做出的决定。但是，袁世凯并不满足，屡次以生病为由坚辞，直到九月十一日（11月1日），奕劻、那桐、徐世昌上折请辞去责任内阁总理、协理职务，同时“泽公（载泽）、洵贝勒（载洵）、伦贝子（溥伦）、肃亲王（善耆）同折辞职，邹子东（嘉来）、唐春卿（景崇）、绍英、吴蔚如（郁生）四大臣同折辞职”，结果均奉上谕允准，并“命袁项城为总理大臣，俟到京后组织内阁，未到以前，暂仍由现在国务大臣办事。涛贝勒亦辞军谘大臣，命以荫午楼（荫昌）代之”。[14]十八日（11月8日），资政院依照宪法信条公举袁世凯为总理大臣。这时，袁氏已暂时达到获得最大权力的目的，乃电奏二日内起程入京。二十三日（11月13日），袁氏到京，次日入宫召对良久，开始正式担负起内阁总理大臣的职责。此后，袁世凯的举措见诸于不少文献，兹不引述，但是，诸如迁移办公地点，以及改变摄政王处理政务的程序等细节，则非常珍贵地反映在许宝蘅日记中。可以看看许氏对这些细节的记载：

九月廿七日（11月17日） 四时到法制院，因项城意欲将法制院屋改为总理大臣公所，将来拟于此处办事。

十月初二日（11月22日） 早饭后入东华门到景运门直庐。袁相奏定入对奏事停止事项，自明日起改在内阁公署办事，即以法制院改为公署，法制院迁于北池子。十一时散，到承宣厅，一时到公署，布置一切，至六时归。[15]

既然袁世凯已经成为资政院通过的内阁总理大臣，其办公场所自然不能仍在宫中，所以他必须另择“公所”（也称公署），将原来的法制院作为自己的办公地点，并宣布从十月初二日起停止“入对奏事”。这简单的几笔，并非小事，它从决策程序的层面预示着帝王专制的终结。

此前一直由摄政王代表宣统皇帝处理政务。有关程序，许宝蘅在光绪三十四年十一月廿一日（1908年12月14日）有详细记述：

今日摄政王在养心殿办事，召见军机如前制。按，养心殿为先皇帝平日居处之所，由内右门入，街西为遵义门（与月华门相对），门内为养心门，中为养心殿。余随堂官入遵义门，门下南向小屋奏事处宫监所居，堂官于此听起，见起后缮旨上述，如旧制。[16]

但是，时隔三年，情况彻底改变了。辛亥年十月初三日（1911年11月23日）许氏写道：

六时二刻黎明到公署，七时总理至，办事，拟旨三道，九时偕顺臣送进呈事件匣入乾清门，交内奏事处呈监国钤章发下，领回公署，分别发交。午饭后一时与阁丞、厅长同阅各折件，拟旨记档，至四时半方毕，五时晚饭，散归。[17]

这天袁世凯到了总理公所办公。先由他拟旨，由许宝蘅等人入乾清门交内奏事处，呈载沣钤印，领回公署，分别发交。摄政王只是履行钤印的程序。袁世凯任总理的责任内阁制在这一天以新的形式得以实施。许的记载也很别致，初二日记中还称袁为“袁相”，初三日便改称为“总理”，似乎他也意识到了前后的差异。

身为总理公署的秘书，在稍后的日记中，许宝蘅对袁世凯的踪迹和内廷动态均有记述：

十月十二日（12月2日） 六时起，七时到署，九时半随项城入内，十一时回署。

十月十六日（12月6日） 午饭后到公署，知监国避位，已奉太后懿旨仍以醇亲王就第。回首三年，不胜凄感。晚饭后拟旨数道，又预备明日请旨派全权大臣与南军协议，又商酌以后谕旨用宝等事，至十二时后始散。

十月十七日（12月7日） 七时三刻起，早饭后九时到公署。项城入对于养心殿，奉太后谕：“余一切不能深知，以后专任于尔。”奏对历一钟余。资政院前奏剪发、改历两案，今日降旨：凡我臣民皆准其自由剪发，改历事着内阁妥速筹办。又奉旨项城为全权大臣，委托唐少川（绍仪）为代表，又委托严范孙（修）、杨杏城（士琦）参预讨论，又委托各省人每省一人讨论各省事宜，定于下午五钟在署会议，四时散归。

此时各界要求清室退位，实行共和制度的呼声日盛，一些新军将领也通电拥护共和。清王朝已经陷入四面楚歌之中。十一月初九日（12月28日），隆裕太后召集王公贵族及国务大臣商议皇帝退位之事。许宝蘅记录了隆裕的言论，可见这位鲜才寡能而又命运多舛的满洲妇人的窘境：

本日皇太后御养心殿，先召见庆王等，旋召见总理大臣及各国务大臣，皇太后谕：“顷见庆王等，他们都说没有主意，要问你们，我全交与你们办，你们办得好，我自然感激，即使办不好，我亦不怨你们。皇上现在年纪小，将来大了也必不怨你们，都是我的主意。”言至此，痛哭，诸大臣亦哭，又谕：“我并不是说我家里的事，只要天下平安就好。”诸大臣退出拟旨进呈，诸王公又斟酌改易数语，诸王公复入对一次，退出后，诸大臣向诸王公言及现在不名一钱，诸王公默然，候旨发下后各散。[18]

十一月十四日（1912年1月2日）又记：

五时半起，早饭后到公署，拟稿数件。总理入对，太后谕：“我现在已退让到极步，唐绍仪并不能办事。”总理对：“唐已有电来辞代表。”太后谕：“可令其回京，有事由你直接办。”又谕：“现在宫中搜罗得黄金八万两，你可领去用，时势危急若此，你不能只挤对我，奕劻等平时所得的钱也不少，应该拿出来用。”总理对：“奕劻出银十五万。”太后谕：“十五万何济事，你不必顾忌，尽可向他们要。”奏对一钟余方出，十二时后事毕，散。[19]

可以看到，自摄政王载沣避位回藩，清朝的江山社稷已经无人过问了，像奕劻这样当初卖官鬻爵大发横财的懿亲，现在也退避三舍，摆出事不关己的态度，难怪隆裕不禁对其大加责备。为了争取有利的议和条件，清廷不得不孤注一掷，除了号召亲贵毁家纾难、筹集军费外，又对袁世凯大加拉拢。十二月初七日（1912年1月25日），隆裕召见醇王载沣，令其到总理公署宣懿旨，赐封袁世凯一等侯爵。袁力辞不受。几经商议，以优待清室条件换取清帝退位的协议终于达成。十二月十五日（2月2日），隆裕召见国务大臣，商酌优礼皇室条件，据许日记，“闻太后甚为满意，亲贵亦认可”。[20]于是，袁世凯乃电告伍廷芳。十天后，清帝退位诏书颁布，历史翻开了新的一页。

辛亥革命中袁世凯依靠政治手腕，一面待价而沽，向清廷索要大权；一面凭借手中的北洋武力镇压革命党人，采用软硬兼施的手段，逼迫清室退位，并获得民国大总统的职位。从许宝蘅日记看，当时载沣、奕劻等懿亲纷纷逃避，大厦将倾，清廷已无人当家，局面已无可收拾。袁世凯因势利导，最终获取了最大的政治收益，这与他崇尚功利的个性追求是完全吻合的。袁本人的心态似乎也很复杂，许宝蘅日记有所反映。日记写道：

十二月廿五日（1912年2月12日） 三时到厅，知辞位之谕旨已下。二百六十八年之国祚遽尔旁移，一变中国有史以来未有之局，古语云：“得之易者，失之亦不难。”岂不信哉？戊申之冬，有谓本朝以摄政始，当以摄政终。又，黄蘖禅师有诗云“继统偏安三十六”，当时以为指年而言，不料仅三十六月。古来鼎革之际，必纷扰若干年，而后国亡，今竟如此之易，岂天心已厌乱耶？吾恐乱犹未已也。

十二月廿七日（2月14日） 八时到公署，见项城，询余解此事否？又谓：“我五十三岁，弄到如此下场，岂不伤心。”余谓：“此事若不如此办法，两宫之危险，大局之糜烂，皆不可思议，不过此后诸事，非实力整顿、扫除一切不可，否则共和徒虚名耳。”项城又谓：“外人亦助彼党，昨日宣布后，借款便交。”余谓：“外人决不能不赞成共和，以其为最美之国体，不赞成则跌其自己之价值也。”[21]

许宝蘅也是士大夫阶层的一员，深受传统思想观念的影响。他除了从天意的角度解释清亡的原因，还从避免流血冲突、保护两宫安危、为百姓减少灾难的角度正面评价清帝退位的意义。从二人的对话看，袁世凯对此极表赞同。但是，令袁世凯最为窃喜的恐怕还是已经到手的最高统治权力，一切都来得那么迅速，就连他本人也没有充分的思想准备：“我五十三岁，弄到如此下场，岂不伤心”，这样的感叹可以有多种诠释。在笔者看来，这未见得就是袁氏虚伪的表示，更多的则是他心虚不安的真情流露。在当时局势瞬间万变的时刻，心力疲惫的袁总理向一位比较亲近的随从偶尔流露一丝复杂的心绪，也在情理之中。